一种从虾蟹副产物制备活性肽粉和甲壳素的方法，属于生物资源高效加工技术领域。先将新鲜的虾蟹壳挤压破碎，再以水浸没虾蟹壳，在超声波中提取处理后再加入蛋白酶进行两次酶解处理，酶解结束后，沥出第二次酶解液；在沥出第二次酶解液的虾蟹壳洗涤至中性后，再加入酸进行脱钙处理，再经清洗、干燥后取得甲壳素；将挤压破碎时挤出的膏状蛋白和脂肪组织与第一次酶解液混合，酶解结束后，取溶液真空浓缩，再经喷雾干燥制得活性肽粉。本发明能够最大限度提高蛋白酶的利用效率，提高酶解液中的蛋白肽的浓度。