本发明涉及一种Thonningianin A单体的分离纯化方法，属于中药活性成分的分离纯化技术领域。具体步骤为：（1）提取：将赶黄草药材切成小段，以乙醇回流提取、过滤；（2）浓缩：将滤液浓缩至20%；（3）大孔吸附树脂富集与洗脱；（4）聚酰胺树脂富集与洗脱；（5）高效制备液相色谱分离：流动相为乙腈-0.3%磷酸水溶液，检测波长254nm；（6）产品回收：将Thonningianin A单体溶液过滤析出晶体，经干燥即得到Thonningianin A单体产品。本发明操作简便，生产周期短，分离效率高，工艺稳定可靠，重现性好，成本易控制，产品纯度高，可作为含量测定的标准物质使用。