本发明属于生物反应器技术领域，具体公开了一种高效生物反应器及薯蓣皂苷高效生物水解方法。本发明的高效生物反应器的发酵罐内填充或悬浮有磁珠，在进气管道上设置有负离子发生器，负离子发生器、氧电极和pH计与一个总控制器相连，由该总控制器根据氧电极和pH计输出的数据来调节负离子发生器的通气工作，在循环管道上包裹有磁化器。本发明将生物反应器的固定化培养和磁场技术科学结合起来，可以显著地提高细胞的反应活力，并应用在薯蓣皂苷生物水解反应中，与传统的酸水解反应相比，本发明的水解方法无污染、低成本、低能耗。