本发明公开了一种配网的自动化三层保护系统，包括配电主站、配电子站、配电远方终端和通信信道，所述的配电主站、配电子站以及配电远方终端均连接在通信信道上，配电主站设有配网控制主机，配电子站中设有配网控制分机，所述的配网控制主机和配网控制分机连接在通信信道上，所述配电子站设置在变电站内，所述配电远方终端包括配电终端设备和环网柜终端设备，两者均电连接于配电开关，所述配电开关设置在由变电站的变压器接出到用户设备的配电线路上。本发明通过配电主站、配电子站以及配电远方终端实现了对配网系统的三层保护，可靠性高，故障点判断、隔离速度快。对配网系统拓扑的相关度和配电开关要求降低。