本发明公开了药典三种秦艽药材的DNA条形码鉴别方法，药典三种秦艽药材分别为大叶秦艽Gentiana macrophylla Pall、粗茎秦艽G.crassicaulis Duthie、和麻花秦艽G.straminea Maxim。该鉴别方法包括DNA提取与对得到的DNA序列拼接两大步骤。其中DNA提取通过增加裂解加热的时间，并且用等体积的酚∶三氯甲烷(1∶1)去除酚及多糖类物质的干扰，得到了较好的提取效果。然后将所得到的DNA序列进行拼接后对秦艽进行鉴定，得到了较好的鉴别效果。