本发明公开了3,5-二氯-4-氨基三氟甲苯的精馏方法及其应用于该精馏方法中的轻塔系统和精塔系统，3,5-二氯-4-氨基三氟甲苯的精馏方法，包括以下步骤：检查各个设备，系统试压，加物料，开轻塔蒸汽进气阀、轻塔疏水器旁路阀排清冷凝水后，开轻塔疏水器截止阀，关闭轻塔疏水器旁路阀，回流，开前馏采出阀，采出至前馏釜，向精塔进料，回流，取样，向成品接受罐进行采出成品；轻塔系统包括轻塔、前馏釜和轻塔蒸馏釜；精塔系统包括精塔、精塔蒸馏釜和成品接受罐。本发明的有益效果是：节约了原材料，最终收率提高，釜残的数量大大减少，取得了可观的经济效益，同时减小了危险固废处理和转移量，取得了较好的环境效益。