本发明提供了一种主链中含有氟原子基团的水性聚丙烯酸酯树脂，通过含氟丙烯酸单体与含有不饱和双键的丙烯酸单体、苯乙烯以及功能性丙烯酸单体经过自由基共聚制备，最后，经过中和剂中和后得到了氟原子改性的水性聚丙烯酸酯。本发明还提供了一种氟原子改性汽车水性底色漆，包括：43～78重量份的氟原子改性水性丙烯酸酯树脂；0.8～2.2重量份的水性分散剂、12～25重量份的去离子水、1.3～4.5重量份的水性消泡剂、23～38颜料：钛白粉、云母珠光粉、炭黑或水性铝粉、18～42重量份的水性固化剂、0.5～0.8重量份的水性流变助剂、1.1～1.5重量份的水性润湿剂。本发明提供的汽车水性底色漆具有较高的光泽度、优异的耐汽油型以及耐候性。