本发明公开了一种自动配置单向邻区的方法及系统，该方法包括：步骤一，基站基于用户的位置判断用户当前服务小区的信号是否不稳定，若是，则执行步骤二，否则继续执行步骤一；步骤二，基站在用户当前服务小区的邻区中找出用户所在位置的主覆盖小区，告知基站控制器；步骤三，基站控制器判断用户当前服务小区是否不适合作为所述主覆盖小区的双向邻区，若是，则将所述主覆盖小区设置为用户当前服务小区的单向邻区，否则执行步骤一。该系统包括：基站和基站控制器。本发明合理自动配置单向邻区，确保用户驻留在最合适的小区，减少切换失败率和掉话率。