本发明提供一种温室红萍种质资源防混杂装置，包括由纵横向隔离板交错形成的隔离框架，所述隔离框架内形成若干个用于放置植物盆栽的型腔。本发明还提供了一种温室红萍种质资源保存方法，包括下列步骤：（1）将已检验的红萍置于装有土壤的钵头中；（2）在玻璃空调温室房中放入栽培架，将温室房温度控制在20～25℃；（3）在栽培架上放置温室红萍种质资源防混杂装置；（4）将步骤（1）中已放入红萍的钵头置于防混杂装置隔离框架的型腔内；（5）定期对红萍施肥，加水与分萍。本发明隔离装置不仅结构简单，功能合理，制作方便，可大大提高红萍种质资源保存的存活率及纯度。