本发明属于生物医药材料技术领域，公开了一种具有美白功效的珍珠天然活性肽，以及从珍珠质中提取该种珍珠天然活性肽的方法，还有该种珍珠天然活性肽的应用。本发明以纳米珍珠粉为原料，在其有效活性成分充分的暴露的基础上，利用升温水提外加超声震荡的条件下进行提取，经超滤去除大分子物质、膜分离除盐、凝胶色谱纯化等技术分离纯化而得到，并以高效液相色谱精确检测相对分子质量。整个提取纯化过程天然，基本不添加任何试剂，保证其天然活性，且安全性好，它可作为美白剂来抑制细胞内黑色素的合成广泛用于化妆品和医药领域。