本发明公开了一种手机应用篡改识别系统，包括：应用采集模块，用于收集和保存各类手机应用程序；应用分析和处理模块，用于对应用采集模块得到的所有手机应用进行静态分析和识别处理，获取所述应用程序的各项信息；应用篡改识别模块，用于对应用程序文件的各项信息进行汇聚，对非白的应用程序文件的各项信息集合与基准信息集合进行差异比对；若都包含在基准信息集合中，则判断所述应用程序没有被篡改；否则判断所述应用程序文件被篡改。还公开了一种手机应用篡改识别方法。本发明基于大量对白名单手机应用程序提取应用信息特征集合后，能够快速对未知手机应用程序是否被篡改进行有效识别。