本发明提供了一种基于PCR的SNP分型方法及应用，其步骤是：（1）选择用于实验的植物样品——某一物种多个品系的组织；（2）提取组织的基因组DNA；（3）将基因组DNA纯化后作为PCR扩增的模板；（4）在该物种的SNP数据库挑选AT类型的SNP；（5）筛选出SNP位点前面第三个碱基是G的SNP；（6）用primer3软件设计引物，使正向引物的最后一个碱基位于SNP位点，而且最后一个碱基为T；（7）引入错配，将正向引物的倒数第三个碱基变为A；（8）进行PCR扩增；（9）将PCR产物在变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离；（10）观察扩增条带的有无。一种基于PCR的SNP分型方法在油菜聚合育种的应用，方法易行，提供简便，成本低，检测简便，效率高，SNP的分型成功率达到91%。