本发明提供了一种用于发酵豆粕的复合微生物制剂，所述复合微生物制剂包括以下组分：植物乳杆菌菌量不低于1×109个/ml；嗜酸乳杆菌菌量不低于5×108 个/ml；酪酸菌菌量不低于1×108个/ml；产朊假丝酵母菌含量不低于5×108 个/ml。本发明可以抑制使用饲料用大豆粕料发酵过程中致病性大肠杆菌、沙门氏菌等有害菌的生长繁殖，有效降低饲料用大豆粕中抗营养因子的含量；有效降低抗原蛋白和不良寡糖的含量，提高饲料用大豆粕的消化率。本发明具有安全性、高效性、专一性、无残留和无副作用等优点。