本发明公开了一种利用微生物分解低品位稀土矿石生产生物复合肥料的方法，该方法首先从稀土矿区采集土壤标本，从该土壤标本中筛选出能够分解稀土矿石中含钾、磷、硫等元素的难溶性化合物的目标微生物，将得到的若干种目标微生物混合后接种到含有稀土矿石粉的固体培养基中发酵，发酵结束后将固体培养基放入生物浸出装置中加入无菌水，得到含有可溶性钾、磷、硫和微量元素的浸出液，将浸出液浓缩后得到液体生物复合肥料，再将浸出装置中的固体培养基干燥造粒后得到固体生物复合肥料。该生物复合肥料的生产方法污染小、能耗低，原料利用废弃的低品位矿石降低了生产成本，并且消除了废弃矿石对环境的污染。