本发明提供一种查询多意图识别方法和系统，所述方法包括：根据G-PLSI模型计算查询意图概率特征向量，其中，G-PLSI模型用于模拟摘要文本的产生过程、相同查询意图下搜索不同查询时的点击链接行为，以及相同查询意图下在同一session中搜索不同查询的行为，查询意图概率特征向量体现摘要文本信息以及不同查询在相同链接上的点击概率和在同一session中的共现概率。所述方法还包括：计算不同查询的查询意图概率特征向量之间的相似度并且根据该相似度进行查询聚类。本发明使用的查询意图概率特征向量对查询内容和用户点击行为进行结合利用，能够更准确地反映用户搜索意图。