本发明公开了一种控制烟草青枯病的方法，通过土壤改良、平衡土壤养分和烟苗处理系统控制烟草青枯病，具体为在烟草种植地中加入改良剂，然后在冬前进行土壤深翻；然后向改良后的地中施底肥，并于烟苗移栽前穴内施底肥；烟苗移栽前用多粘类芽孢杆菌或蜡质芽孢杆菌的菌液蘸根处理，然后在团棵期用甲壳素或芸苔素内酯喷雾处理，旺长期用乙蒜素和代森锰锌混合液灌根处理2-3次，每次间隔7天，利用本发明公开的方法能够延迟烟草青枯病的爆发，并能增加烟草产量、提高烟草品质，同时还能改良酸性土壤，能够广泛用于烟草种植业中。