一种全程自养脱氮工艺的启动及运行方法属于水环境恢复与再生领域。常温条件下，在一个生物滤池反应器内启动全程自养脱氮（CANON）工艺并达到高效稳定运行，首先接种污泥，在厌氧及缺氧条件下进行滤料挂膜阶段，然后在限氧条件下启动全程自养脱氮，最后通过水力停留时间与曝气量的联合控制实现高负荷稳定运行。在61d内启动CANON工艺，启动后运行42d总氮去除负荷达到了3.52kg·m-3·d-1，该负荷在CANON工艺研究领域是一个极其高的水平，该方法操作简单易行，是一种行之有效的快速启动CANON工艺并实现高负荷运行的方法。