本发明公开了一种鸡Pax7基因31 bp indel多态性的快速检测方法及其应用，其中检测方法包括以下步骤：根据鸡Pax7基因的第3外显子及第3内含子的基因序列，设计一对引物，然后进行PCR扩增，最后通过琼脂糖凝胶电泳检测该基因31bp indel多态性，当第3内含子31bp插入时为II基因型，31bp缺失时为DD基因型，该位点为杂合的个体时，为ID基因型。同时，本发明利用检测结果与鸡经济性状进行关联性分析，用于鸡的辅助选择和分子育种。本发明方法检测DNA大片段时不仅分辨率高，检测灵敏，判型准确，且操作简单，节约时间、成本低，可广泛推广。