本发明公开了一种鉴别安徽霍山产金线莲及其相似种的分子标记指纹图谱。包金线莲样品的预处理、各样品基因组DNA的提取、ISSR-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳、构建各供试样品的ISSR分子标记指纹图谱和将构建的ISSR分子标记指纹图谱用于金线莲种质的鉴定。本发明方法节约了时间和经济成本，通过对金线莲属植物的DNA的提取，ISSR-PCR扩增，琼脂糖凝胶电泳就能得到准确可靠的鉴别图谱，该方法对外形上容易混淆的品种从遗传本质上鉴定，具有简便快捷、重复性好、分辨率高等优点，而且在幼苗期即可进行鉴定，对于保证霍山产金线莲药材基源的准确性和稳定性具有重要的作用。