本发明公开了一种用于棉花种子鉴定的引物组及其试剂盒，其包括60对核心引物，本发明的核心引物组为棉花品种的生产鉴别提供了有力工具，具有快速、准确等优点，也为今后生产中发生的假冒伪劣、套牌冒牌等坑农害农事件的发生提供了强有力的鉴别工具，为当地种子管理部门处理问题种子纠纷提供了可靠方法和技术保证，极大地保护了棉花育种者、种子生产经营单位和广大棉农的生产利益。通过本套核心标记进行品种的指纹图谱进行鉴定，无需再进行分子标记的大量筛选，节约成本和时间，达到事半功倍的效果。