本发明公开了亚洲1型口蹄疫病毒耐酸突变株、其携带的衣壳蛋白及其编码基因和应用。本发明通过酸压力筛选获得亚洲1型口蹄疫病毒P10和P15具有耐酸能力的两个代次病毒群,在分析这两个代次病毒群的突变序列的基础上，本发明采用反向遗传技术构建、拯救得到3株亚洲1型口蹄疫病毒耐酸突变株，其携带的衣壳蛋白的氨基酸序列分别为SEQ ID No.2、SEQ IDNo.4或SEQ ID No.6所示。本发明解决了FMDV灭活疫苗生产和储存过程中病毒衣壳的酸敏感性问题，可为制备Asia1型FMDV灭活疫苗提供优质种毒。