本发明公开了一种柳穿鱼黄素单体的制备方法，属于中药活性成分的分离纯化技术领域。本发明的具体工艺步骤包括以甲醇或乙醇提取总黄酮，加入浓酸硫水解黄酮苷，水解液通过大孔吸附树脂富集黄酮，解吸液通过制备型高效液相色谱分离柳穿鱼黄素单体，于50-80℃减压浓缩制备液，静置析晶，过滤，干燥，得到柳穿鱼黄素单体产品。该方法操作简便，生产周期短，分离效率高，工艺稳定，成本低廉，可实现高纯度柳穿鱼黄素单体的工业化分离制备，得到纯度大于99%的柳穿鱼黄素单体。