本发明公开了一种淡紫醌霉素及其甲酯的制备方法。以链黑菌素产生菌-柔毛链霉菌Streptomyces.flocculus CGMCC4.1223作为出发菌株，对该链黑菌素生物合成基因簇中的双氧化酶基因stnBl实行选择性敲除，获得相应的stnBl基因失活突变株ΔstnBl；对突变株发酵产物粗提物采用反相硅胶、凝胶等柱层析和半制备HPLC等色谱分析技术，制得淡紫醌霉素及其甲酯。本发明建立了利用链黑菌素产生菌通过基因工程手段制备淡紫醌霉素的方法，提高了淡紫醌霉素和淡紫醌霉素甲酯的产量，分别达到每5升培养基可以获得约1mg淡紫醌霉素和20mg淡紫醌霉素甲酯，并且经过菌种优化和发酵优化还有进一步提升的空间。