本发明公开了一种实时时钟温度补偿系统，该系统包括修调寄存器、补偿间隔寄存器、低相位误差修调机制控制器、晶振和频率修调电路，修调寄存器，用于存储增减脉冲标志位F和修调数据M，补偿间隔寄存器，用于保存补偿间隔时间值T，与所述修调寄存器相连的低相位误差修调机制控制器，在补偿时间间隔T内，通过判断当前状态下对应补偿的秒时钟，并根据修调数据的大小，输出当前秒时钟的修调值m，晶振，用于产生时钟频率，与时钟发生器和低相位误差修调机制控制器相连的频率修调电路，当该频率修调电路接收到当前秒时钟的修调值m时，根据增减脉冲标志位F，对晶振输出时钟进行增减脉冲操作，最终输出精准低相位误差的1Hz时钟。