本发明所要解决的问题在于提供一种用于生物样本核酸检测的分子内标质控方法及试剂盒以对样本进行识别、检测分析等质量监控，质控分子内标是一类区别于待测样本的核酸序列的特异外源核酸序列，其与待测样本的同源性不高于99%，将上述的特异外源核酸序列与待测样本混合均匀，做好对应记录并一起进行后续处理。本发明利用DNA合成、定点突变、基因克隆等技术制备了质控分子内标，并且应用于生物样本核酸检测的标识质量控制体系中，通过扩增、片段长度分析、SNP分型、多重荧光PCR、毛细管电泳、测序等常用技术即可获取质控分子内标信息用以验证样本，简单易行地完成样本识别及验收等质控环节。