本发明公开了一种再生水河道减渗的方法。包括如下步骤：（1）清理河道，然后在开挖清理后的河道上铺设细沙并压实得到垫层；（2）在所述垫层上铺设可降解土工膜；（3）在所述可降解土工膜上铺设河沙并压实得到生物膜减渗层；（4）将煮沸过的淀粉溶液和氯化铵加入至再生水中得到微生物培养液，然后与原生芽孢乳混合后喷洒在所述生物膜上，所述喷洒时的润湿深度不小于所述生物膜减渗层的厚度；（5）在经步骤（4）处理后的所述生物膜减渗层上依次铺设反滤层和保护层，即实现对再生水河道的减渗处理。本发明可从根本上有效解决土工膜在河道减渗中去污控污效应的不足和使用寿命短的缺点。