本发明提供了一种检测BCL2L11基因多态性的方法，其特征在于，其包括如下实现步骤：设计了两对引物，突变型引物以及野生型引物，一对引物跨越2903bp的缺失区域，当此片段未缺失时，实验条件限制反应，扩增不出如此长的片段的；当此片段缺失时，会扩增出一个261bp的片段；另外一对引物在2903bp的缺失区域中，当此片段未缺失，会扩增出一个365bp的片段；此技术在同一个反应体系中同时扩增两条不同的产物，鉴定样本基因型。而且扩增片段长度适中，扩增条件范围宽泛，使用仪器简单。