本发明涉及一种复合微生物肥料的技术领域，特别涉及一种保水多肽复合微生物肥料的生产制造方法，步骤为：取上述的100-150L凹凸棒石粘土复合吸附剂溶液、60-80L多肽氨基酸溶液、40-60kg高吸水性树脂粉末，混合均匀后，再加入700-900kg有机肥料和10-20kg的农用微生物菌剂，搅拌混合均匀后，进行造粒，干燥，制成直径为2.0-4.0毫米的颗粒。具有以下有益效果，本发明的生物肥具有较强的吸附性能，使之能够与土壤中的有机无机复合胶体结合为一体，有效防止土壤胶体的流失，提高保水性能，提高肥料的缓释性能，并可以修复土壤、有利于保持土壤水分不流失，解除板结，逐步修复土壤板结带来的问题。