一种氨氧化细菌筛选鉴定试剂盒、筛选鉴定及菌样分离方法，试剂盒包括菌株富集管；氨氧化鉴定管1，2，3；菌株保藏液；显色剂A，B；筛选鉴定方法是将待检测菌种经菌株富集管富集后接种到氨氧化鉴定管1、2、3培养，同时用菌株保藏液将富集菌液保存；氨氧化鉴定管经培养后加入显色剂A、B，根据显色状态判断菌株氨氧化能力，菌样分离方法是将培养菌样稀释涂布分离。本发明的优点是实现氨氧化细菌快速、高通量筛选鉴定的效果，实现菌种培养、鉴定、保藏一站式操作。