本发明公开了一种水性无机硅-有机硅-聚氨酯粘合剂及其制备方法。本粘合剂由水性胶A组分和固化剂B组分组成，其中，水性胶A组分由硅溶胶：55~90份；有机硅烷：12~20份；多羟基化合物：120~200份；多异氰酸酯：15~25份；乳化剂：3~5份；催化剂：0.5~1.2份；粉料：80~150份；去离子水：900~1200份合成得到，固化剂B组分选自二苯甲烷二异氰酸酯MDI、多亚甲基多苯基多异氰酸酯PAPI、六亚甲基二异氰酸酯HDI的一种或一种以上混合物，使用时将固化剂B组分和水性胶A组分按5~15∶100的质量比混合均匀。通过本发明制备所得的粘合剂对木材具有较好的粘合强度和耐水性，而且制备工艺简单，成本低。