本发明涉及一种利用长转录组测序结果装配基因组的方法及装置，该方法是将同一物种的转录组测序读段与基因组片段进行比对，去除仅比对到1个基因组片段的转录组测序读段，对保留下来的转录组测序读段上的查询区段以规定条件进行筛选，然后按照规定条件获得与保留下来的查询区段相关的区段连接，基于该区段连接对基因组片段进行连接，从而完成对基因组序列的组装。根据本发明的利用长转录组测序结果装配基因组的方法，能够利用长片段测序数据，包括现有公开的大量Sanger数据，从而能够利用长的转录组测序读段来组装基因组序列。