本发明涉及一种辅助运动训练方法和训练系统，该训练方法主要包括如下步骤：功能定位，找出截肢者幻肢在大脑初级运动皮层中的映射区，作为提取实时神经反馈信号的感兴趣区；基于功能磁共振技术的神经信号实时反馈系统，利用功能磁共振技术实时提取感兴趣区的神经信号指导截肢者进行残肢的运动康复训练；肌电信号采集系统，采集截肢者残肢肌电信号，实时监测截肢者康复训练效果。该运动康复训练系统及方法基于磁共振技术实时监测截肢者大脑初级运动皮层的神经反馈信号，进而指导截肢者进行残肢的运动康复训练，促进截肢者大脑初级运动皮层重组，可显著改善其假肢的运用条件。