用于检测生物相关分子的方法，其包括：将所述分子集中到化学惰性片材料中的显微的孔内；限制所述孔的开口；并且测量流过所述孔的电流或所述孔的开口附近的荧光。随着所述分子扩散到所述孔外，所述电流或荧光将发生改变；提供扩散速率的测量值，从而检测所述分子的存在以及所述分子的性质。对于相互作用的分子而言，所述扩散速率将慢于不相互作用的分子的扩散速率，从而得出对所述分子的相互作用的确定。盖上所有孔，插入到质谱仪中，允许对所述分子进行鉴定。