多血清型口蹄疫病毒3C基因特异性siRNA筛选与应用属口蹄疫生物防治技术领域，目标是提供的一组能特异性抑制O型、A型和Asia I型口蹄疫病毒3C基因表达的siRNA，其序列为siRNA1-3C、siRNA2-3C、siRNA3-3C以及A型和Asia I型口蹄疫病毒基因组中对应的序列；设计与筛选方法是人工合成参考毒株3C基因部分片段、构建表达EGFP-3C融合基因的真核表达载体、真核表达载体与siRNA共转染HEK293T细胞、荧光显微镜观察检测EGFP荧光及实时定量RT-PCR检测EGFP-3C基因mRNA表达来筛选和验证siRNA对3C基因表达的抑制效果。本发明可快速筛选出抑制多血清型口蹄疫病毒的广谱高效siRNA，也可通过质粒载体表达或通过体外转录的方法制备目标siRNA；本发明可应用于抗多血清型口蹄疫病毒治疗药物制备和抗口蹄疫转基因动物培育。