本发明涉及一种产复合酶的菌株及其制备断奶仔猪用复合酶的方法，可有效解决断奶仔猪对现有饲料难以消化吸收，引起超敏反应的问题。本发明菌株为黑曲霉菌（Aspergillus niger）HKS11，已保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏编号为CGMCC No.6027；所产的复合酶包括蛋白酶、淀粉酶及木聚糖酶。利用该菌株制备复合酶的方法包括菌种活化，二级种子的获得，固体发酵罐中发酵培养。本发明制备成本低，原料丰富易得，节能环保，生产的断奶仔猪用复合酶添加到仔猪饲料中，能改善饲料利用率并提高仔猪生产性能，促进健康生长。