本发明公开了一种高性能计算机系统中不满足计算精度要求的问题结点检测方法。技术方案是先选择基准测试程序并在高性能计算机全系统2n个计算结点上运行，如果计算精度达不到预定的要求，将高性能计算系统分成两个部分，分别加载基准测试程序，如果计算结点数目减半的并行程序计算结果仍不满足计算精度要求，则再将计算结点的数目减半，直到均满足计算精度要求，或者每个部分只剩下一个计算结点。若计算结点数为1但仍不满足计算精度要求，则说明已经找到不满足计算精度要求的计算结点。采用本发明可以对计算精度不满足要求的计算结点实现自动检测，定位问题结点，保证大规模高性能计算机系统的可用性。