本发明涉及一种由粗品肝素钠直接生产依诺肝素钠的制备方法，其以粗品肝素钠为原料，通过有机溶剂分级沉淀除去粗品肝素钠中的大部分杂质，然后通过过氧化氢氧化除去部分残留的杂蛋白及色素等杂质，获得符合依诺肝素钠生产的高纯度的肝素钠，并以其为中间体，经肝素季铵盐制备、肝素苄酯的制备、对肝素苄酯进行碱解聚、以酸中和、醇沉淀，精制、脱色，脱水干燥，得到依诺肝素钠成品。本发明的方法大大减少了有机溶剂的使用，提高了生产效率，减少了对环境的影响，得到能达到或优于欧洲药典7.0版的依诺肝素钠成品，该方法操作简单，可实现工业化生产。