本发明是一种微生物燃料电池三级连续式废水脱氮处理方法及装置，其特点是：经阳极板的制作和预处理、恶臭假单胞菌的固定化，将得到的固定化恶臭假单胞菌新型阳极，固定到处理氨氮废水的阳极室中，将制作和预处理的阴极板固定到处理硝态氮废水的阴极室中，流速均为0.4～0.8mL/min，于15～35℃下连续处理15天，通过电化学工作站在线监测微生物燃料电池的输出电压，每隔24h测定氨氮废水中氨氮和硝态氮废水中硝氮含量的变化，电池输出电压始终在1.583v～1.867v，氨氮废水的氨氮去除率始终为55.6％～64.7％，硝态氮废水的硝氮去除率始终为84.6％～92.3％。所涉及的恶臭假单胞菌来源于中国普通微生物菌种保藏管理中心。