本发明实施例提供一种高铁组网下抑制同频干扰的方法、基站和高铁组网系统。该方法包括基站将两个高铁组网下的相邻小区同频载波的伴随物理信道，对应配置在互不相同的物理时隙资源内；基站对移动终端进行检测，若检测获知移动终端处于所述两个相邻小区的小区边界切换带，则对移动终端进行调度处理，以保证当移动终端处于所述小区边界切换带时，停止使用邻小区同频载波的伴随物理信道所占用的物理时隙资源。本发明实施例通过组网配置、小区边界用户检测和基于用户位置的调度算法的结合，避免高铁组网下载波小区间切换时的上下行同频干扰，有效提升用户高铁组网小区间的切换成功率。