本发明公开了辅助鉴定大豆百粒重相关位点的一种方法及其专用引物。本发明提供了辅助筛选具有高百粒重性状的大豆的一种方法，包括如下步骤：以待测大豆的基因组DNA为模板，用序列1和序列2所示DNA组成的GNE070a引物对进行PCR扩增，检测扩增产物，扩增产物中具有一个特异DNA片段的待测大豆为候选的具有高百粒重性状的大豆；所述特异DNA片段的大小为275bp-285bp。本发明的方法克服了常规育种中因表型选择易受环境因素干扰而导致育种效率低等问题，可以利用专用引物对对大豆高百粒重相关位点进行早期世代选择鉴定而缩短育种周期，从而快速筛选出籽粒较大的高产大豆材料。本发明可应用于大豆高产育种，以提高育种效率和大豆产量水平。