本发明涉及一种苜蓿专用根瘤菌剂控释肥及其制备和应用。该肥料原料质量份如下：尿素包膜根瘤菌剂组合物，5％腐植酸包膜尿素，硫加高分子聚合物包膜尿素，5％、6％、8％回收热塑性树脂包膜尿素，尿素底涂层5％改性环氧树脂包膜磷酸二铵，尿素底涂层5％改性环氧树脂包膜硝酸钾，磷酸二铵，氯化钾。本发明还提供所述苜蓿专用控释肥的制备方法。本发明将根瘤菌剂、根瘤生长和固氮所需要的微量元素一起包裹在尿素外壳内，并根据苜蓿的需肥规律合理配置磷、钾肥及不同养分释放期的包膜氮肥，形成具有接种和施肥双重功能的苜蓿专用控释肥。本发明肥料一次施用有效期两年，可节省劳动力，增加苜蓿产量。