本发明公开了用于孤岛模式下的水电机组调速系统的控制方法，其采用双积分环节以调整水电机组调速系统,其特征在于：其根据水电机组的运行状态,调整该积分公式中的参数:当水电机组处于常态运行时，式中的Ex为0.5Hz、Bp为4%；当水电机组处于孤岛模式运稳态行动时，式中的Ex为0.5Hz、Bp等于1%；当水电机组处于孤岛模式动态运行时，式中的Ex为0.1Hz、Bp小于等于0.001%。本发明采用多种调节模式相并联结合，一旦系统电网的负荷波动较大，以致引起大的频率波动时，采用大频率PID迅速参与闭环控制；在稳定状态时，采用小积分模式以达到微量、缓慢调整系统的目的。本发明具有无需人为干预、完全可以自动实现状态和参数的切换、自动调节到位且调节效果较好等优点。