一种多层共挤吹膜设备的挤出机及模头清机方法，包括以下步骤：在上一批配方的物料分别从各台挤出机挤出而完成上一批配方的产品生产后，将新的物料分别加入对应的挤出机而开始清机，直至新的物料将上一批配方的物料从挤出机及模头完全清理出来；在清机过程中，中央控制器使各台挤出机的挤出速度不断上下波动变换，各台挤出机在最高速时的最高挤出速度达到该台挤出机的正常挤出速度的1.4～1.8倍；但在清机过程中间的各个时间点上，各台挤出机挤出速度的总和保持不变。本发明各台挤出机采用震荡挤出的方式，清机过程花费时间短，耗费原料少。