一种磁悬浮分子泵动平衡方法，在启动磁悬浮分子泵电机后，开启力控制不平衡振动控制模块，如果在力控制不平衡振动控制模块的控制下，转子上的不平衡质量使转子在升速过程中的最大径向振幅不超过保护间隙的1/2，那么力控制不平衡振动控制模块能抑制转子的同频振动，使转子转速能够很快超过其刚性临界转速，从而在较高速度下对磁悬浮分子泵的转子使用影响系数法进行动平衡操作。本发明提出的动平衡方法，可直接在高速下对磁悬浮分子泵转子进行动平衡操作，步骤简单、效率高。