本发明涉及褐藻活性多糖领域，具体为一种基于微波化学的褐藻活性多糖的高效提取方法，即：采用微波化学手段对常见褐藻类原料进行处理，然后再分别采用水浸提和碱消化工艺处理，获得结构不同的糖醛酸低聚糖和褐藻糖胶低聚糖(如：富含甘露糖醛酸片段的褐藻胶或富含甘露糖醛酸片段的褐藻胶)的过程。本发明不仅能有效克服常规加热条件下有机酸处理上述原料过程中有机酸用量大、酸回收难度大等工艺难题，还能显著强化有机酸处理中的相关化学反应，促进多糖与褐藻中大分子物质之间的脱离，增强有机酸对大分子多糖的选择性降解。本发明具有处理速率快、多糖收率高、多糖可控降解能力强、有机酸用量少且易高效回收、耗水量小、能耗低等显著优势。