本发明涉及一种垂直结构LED芯片的制作方法，包括：提供第一衬底，在所述第一衬底上依次形成缓冲层、N型氮化镓层、有源层以及P型氮化镓层以及金属反射层；提供第二衬底，将所述第一衬底倒置于所述第二衬底上，并利用金属焊料层将所述第二衬底的一面与金属反射层键合固定；将所述第二衬底的另一面固定于一载台上；对所述第一衬底和缓冲层进行初步粗磨和物理研磨，直至剩余部分第一衬底，剩余的第一衬底厚度小于10μm；对所述第一衬底进行化学机械研磨，直至暴露所述N型氮化镓层。本发明能够提高垂直结构LED芯片在剥离衬底时生产效率和芯片良率。