本发明公开了一种用于动态密码令牌时钟校准系统和方法，用于信息技术领域，以解决动态令牌的时钟校准问题，所述时钟校准系统包括：时钟晶振，用来作为动态令牌的时钟源，产生时钟信号；时钟信号探测器，用来对所述时钟晶振产生的时钟信号进行探测，获得当前的时钟信息；信号比较装置，用来将获得的所述时钟信息与标准时钟源的时钟信息进行比较，获得时间误差；补偿计算模块，用来根据所述时间误差得到时间误差补偿值；时钟自动补偿模块，用来在预先设定的时间周期内，定时自动将所述时间误差补偿值写入动态令牌，进行时间校准。本发明所述的时钟校准系统和方法对动态令牌的时钟针对标准时钟源进行校准，使得动态令牌时钟与标准时钟源一致，从而在动态密码认证时进行时间的同步。