本发明公开了一种分布式控制系统的工程组态管理方法及系统，克服现有的DCS不具备多域统一管理的技术缺陷，其中该方法主要包括：为分布式控制系统的每个单元域设置一对应的域服务器，并设置管理域；在各单元域内分别组态，获得各单元域的组态文件，将各单元域的组态文件存储到各自对应的域服务器上；共享各单元域的工程组态主目录；根据工程组态主目录，在管理域上添加各单元域工程，对各单元域统一进行组态。本发明的技术方案克服了现有的DCS不具备多域统一管理的技术缺陷，可在各种基于域或类似功能的系统中应用。