本发明涉及激光共聚焦斜入射椭偏高通量生物分子反应成像检测装置。在样品平台上有载有生物样品微阵列的样品基片，样品基片下方有进出液口与多通道注射泵相连接的多通道恒温流通池；在一倒置激光共聚焦显微镜的载物台位置安置多通道恒温流通池；在样品平台的对应两边分别有两个对称竖直放置带有凹槽的平板，且在凹槽中分别安装有沿入射光路方向顺序设置的激光器、起偏器、光弹调制器、相移器和聚焦透镜的机械臂，和沿反射光路方向顺序设置的聚焦透镜、斩波器、偏振分析器和光电探测器的机械臂；一锁相放大器的数据入出口端分别与光电探测器的数据出口端及数据采集卡的数据入口端相连接，计算机分别与数据采集卡和多通道注射泵的控制器相连接。