本发明公开了一种微波连续冻干装置，涉及冷冻干燥设备技术领域，包括冻干仓、微波屏蔽板、真空捕水系统和微波仓，所述冻干仓包括上方仓口、左仓壁、右仓壁和底仓壁，所述左仓壁、右仓壁和底仓壁均由非金属透波材料制成，非金属透波材料如聚四氟乙烯、聚乙烯、聚丙烯或石英玻璃。本发明解决了微波在冻干环境下辉光放电导致冻干失败的技术难题，使微波能真正具备在冻干工业环境下的使用；同时，本发明实现了真空环境下的微波不会被冻干仓壁反射，冻干仓中的微波场更加均匀，冻干成品率高，品质优良。